Erken kalkolitik çağ yerleşimleri olan Can Hasan, Hacılar, Kuruçay gibi yerleşmeler İ.Ö. 5000 yıllarına geldiğimizde çeşitli nedenlerden dolayı tahrip olmuştur. Çatal Höyük ise aynı tarihlerde bir daha iskan edilmemek üzere terk edilmiştir. İlk başta saydığımız Can Hasan, Hacılar gibi yerleşimler terk edildikten bir süre sonra tekrar iskan edilmişlerdir. Ancak tekrar iskan sonucu ortaya çıkan kültür, önceki kültürlerden oldukça farklıdır. İşte bu farklı evreye Geç Kalkolitik Çağ adı verilir.
Bazı arkeolog ve eski çağ tarihi bilimcilerine göre seramik yapım kültüründe yaşanan değişimlerden dolayı İ.Ö. 5000 ile 4000 yılları arasına Orta Kalkolitik Çağ adı verilse de, köklü bir kültür değişimi yaşanmamış olduğundan böyle bir kavramdan söz etmek çok da doğru olmayacaktır.
Geç Kalkolitik Çağda, yerleşim yerleri ıssızlaştıktan sonra Anadolu’ya büyük bir ihtimalle kuzeybatıdan, balkanlardan ve boğazlardan yaşanan göç hareketleri sonucu Anadolu’daki nüfus daha önce hiç olmadığı kadar artmıştır. Çeşitli bölgelerden çeşitli halkların Anadolu’nun çeşitli bölgelerine yerleşmesinden dolayı Anadolu’da bir kültür birliği yoktu. Bununla birlikte Batı Anadolu’da çeşitli karışıklıklar yaşanmaktaydı.
Geç Kalkolitik Çağ Yerleşmeleri
Örneğin Çanakkale Boğazı ve çevresinde kurulmuş olan Kumtepe ve Beşik-Sivritepe Höyükleri kurulmuşken, Gelibolu Yarımadası’nda ise Karaağaçtepe yerleşimi oluşmuştur. Bununla birlikte Marmara bölgesinde yer alan Toptepe ve Eskişehir’deki Demirci Höyük kültürleri ile oldukça farklı kültür hareketleri gözlemlenmiştir. Beşik ve Sivritepe ile Kumtepe’de yaşayan insanların daha çok denizcilik ile ilgilendiğini beslenme alışkanlıklarından anlayabiliyoruz. Burada yaşayan yerel halk daha çok midye ve istidriye ile besleniyormuş.
Geç Kalkolitik Çağ’ın önemli yerleşim yerlerinden bir diğer ikisi ise Baklatepe ile Urla’daki Limantepe höyükleridir. Limantepe Höyük’te bugün sualtı kazıları devam etmektedir. Baklatepe ise yerleşim yerinin büyüklüğü ile dikkat çeker. 250 metreye varan çapa sahip bir yerleşme yerine sahip olan bu höyük küp mezarlardan oluşan mezar alanı ile dikkat çekmektedir. Burada yaşayan insanlar evlerini çit – çamur tekniği ile yapmışlardır. Maden kullanmasını da bilen bu halk Batı Anadolu Kıyı bölgesine özel bir kültür oluşturmuştur.