Üçüncü Selim 7 Nisan 1789 günü Osmanlı Devleti'nin 28. padişahı olarak tahta geçti. Bu sırada Osmanlı Devleti zor günler geçiriyordu. Rusya ve Avusturya ile olan savaş devam ediyordu. Ancak cepheden iyi haberler gelmiyordu. Osmanlı Devleti bu savaşa 1774'teki Küçük Kaynarca Antlaşması'nın ardından Rusların eline geçen Kırım'ı ele geçirmek için girişmişti. Kırım Osmanlı Devleti için çok önemliydi. Osmanlı Devleti, halkın büyük bir çoğunluğu Müslüman olan Kırım'ın Hristiyan bir yönetime geçmesine asla razı olmuyordu. Üçüncü Selim de yönetime geldiğinde Kırım'ı vermek istemiyordu. Bu nedenle savaşı sürdürdü.
Fransız İhtilali, Avrupa'nın siyasi yapısını önemli ölçüde etkilemişti. Bunun üzerine Avusturya Osmanlı Devleti'yle barış antlaşması imzalamak zorunda kaldı. 4 Ağustos 1791'de Ziştovi Antlaşması imzalandı ve iki ülke arasındaki savaş sona erdi. Böylece Rusya yalnız kalmıştı. Avusturya'nın saf dışı kalması Üçüncü Selim'i ümitlendirmişti. Ancak Yeniçeri Ocağı'nın isteksizliği bu ümitlerin sönmesine neden oldu. Üçüncü Selim çaresiz bir şekilde Rusya ile barış antlaşması imzalamak zorunda kaldı. 10 Ocak 1792'de iki ülke arasında Yaş Antlaşması imzalandı. Bu antlaşmayla birlikte Kırım'ın Rus egemenliğinde olduğu bir kez daha kabul edildi. Üçüncü Selim için çok zor bir durumdu.
Üçüncü Selim gerek şehzadeliği sırasında gerekse de padişahlığı sırasında ordunun zayıflığını ve yetersizliğini görmüştü. Ruslarla yapılan son savaşta bu çok daha net bir şekilde ortaya çıktı. Orduda ıslahat yapılması gerekliydi. Üçüncü Selim derhal ordunun yenilenmesi çalışmalarına başladı. Birçok kişiden bunun üzerine rapor yazmasını istedi. Bu raporları dikkatle inceledi ve çözümler üzerine çalıştı.
Üçüncü Selim tüm çalışmaları neticesinde yeni bir ordunun kurulması gerektiğini düşündü. Bu ordunun ismini de belirlemişti: Nizam-ı Cedit. 1793'de bu yepyeni ordu kuruldu. Üçüncü Selim on bin kişiden fazla olan bu orduyla yakından ilgilendi. Yeniçeri Ocağı'nı kuşkulandırmamak için ayrı bir ocağa bağlanmadı. İlk karargah Levent'te kuruldu ve burada askerlerin eğitim çalışmaları yapıldı. Ordunun teçhizatlarına da önem verildi. Avrupa'dan modern askeri teçhizatlar getirildi. Ayrıca birçok Avrupalı teknisyen ve komutan çağrıldı.
Üçüncü Selim yeni kurulan ordu için Üsküdar'da Selimiye Kışlası'nı inşa ettirdi. Bu kışlanın çizimini Üçüncü Selim'in bizzat yaptığı söylenir. Osmanlı ordusunun en ihtiyaç duyduğu teçhizatlardan biri de toplardı. Bunun için de yeni toplar döküldü.
Nizam-ı Cedid ordusu, Napolyon Bonapart'ın liderliğindeki Fransızların Mısır'ı işgal etmesi üzerine harekete geçti. Cezzar Ahmet Paşa komutasındaki Nizam-ı Cedit ordusu burada ilk ve unutulmayacak zaferini kazandı. Napolyon'un ordusunu Mısır'da bozguna uğratmıştı.
Bu sırada Yeniçeri Ocağı'nda Nizam-ı Cedid ordusunun kendi yerlerini alacağı şeklinde söylentiler çıktı. Bu söylentilerin çıkmasında Fransa'nın elçisi Sabastiyan'ın rolü vardı.
Bu söylentilerin sonucunda büyük bir isyan patlak verdi: Kabakçı Mustafa İsyanı. Kabakçı Mustafa liderliğindeki isyancılar Nizam-ı Cedit ordusunun kaldırılmasını istiyordu. Üçüncü Selim, hiçbir şekilde Nizam-ı Cedit ordusuna isyanı bastırması için emir vermedi. Kan akmaması için 29 Kasım 1807'de tahttan ayrıldı ve yerine Dördüncü Mustafa geldi.
Üçüncü Selim'in ıslahat çalışmalarını benimseyen Rusçuk ayanı Alemdar Mustafa Paşa İstanbul'a geldi ve Üçüncü Selim'i tekrardan tahta geçirmek istedi. Dördüncü Mustafa bunun üzerine Üçüncü Selim ile Şehzade Mahmut'u öldürerek tahta geçecek kimsenin kalmamasını amaçladı. Böylece Alemdar Mustafa Paşa hiçbir şey yapamazdı. Üçüncü Selim burada öldürülürken, İkinci Mahmut ise son anda kurtuldu. Üçüncü Selim'in ardından tahta İkinci Mahmut geçti.
