Beylerbeyi Sarayı, Osmanlı sultanı Sultan Abdülaziz tarafından 1863 yılında Ermeni asıllı olan ve dönemin en önde gelen mimarlarından olan Sarkis Balyan'a yaptırılmıştır.
Beylerbeyi Sarayı'nın toplam inşaatı yaklaşık 2 yıl sürmüş ve bu 2 yıl boyunca sarayın inşaatında ve düzenlemelerinde toplam 5000 kişi çalışmıştır.
Beylerbeyi Sarayını diğer saraylardan ayıran çok değişik bir yönü vardır. Sarayın tüm inşası boyunca çalışan işçilere moral olsun ve motivasyonları artsın diye dönemin önde gelen musiki sanatçıları inşaat boyunca inşaatın önünde musiki eserler sunmuşlardır.
Sarayın dekorasyonu ise Avrupa, Türk ve Doğu kültürünün harmanlanıp ortak bir kültür kaide alınarak yapılmıştır.
Sultan Abdülaziz denize ve mehtaba düşkün bir insan olduğundan sarayın tavan ve duvar kısımlarına bol bol deniz ve yosun motifleri yapılmasını istemiştir. Bu neticede dönemin Osmanlı Saraylarından çok daha farklı bir dekorasyona sahip olmuştur.
Sarayın mobilya ve halı gibi eşyaları ise daha çok otantik Türk motiflerinden izler taşımaktadır. Sarayın büyük salonlarında Orta Asya Türk tarihini yansıtan kilimler bulunmakta ve bu kilimlerin duvar süslemelerinde de yer almaktadır.
Sarayın arka bahçesinde yaz aylarında yüzmek için kullanılan büyük bir havuz inşa edilmiştir. Bu havuz kış aylarında da doldurularak bir süs havuzu olarak kullanılmış, daha sonra içine bazı balıklar konularak tamamen bir süs havuzu haline getirilmiştir. Havuzun yaptırılmasının bir başka amacı da yazları serinlik vermesi içindir.
Saray daha çok yazlık bir saray olarak düşünüldüğünden ısıtma sistemi çok gelişmiş değildir. Sultan ve çevresi sarayı kışın ziyaret ettiklerinde büyük salonda şömine yakıldığı düşünülmektedir.
Saray Sultan Abdülaziz'in kullanımında iken Bir çok Avrupalı misafiri de ağırlamıştır. Sarayın ziyaretçileri arasında imparator ve kral eşleri ile yine taht varisi olan bazı prensler vardır. Sultan Abdülaziz ilk kez Avrupa'ya diplomatik ilişki için giden padişah olduğundan, aynı şekilde gelen konuklarını Beylerbeyi Sarayında ağırlamıştır.
Ayrıca saray Sultan 2. Abdülhamit'in de son günlerini geçirdiği yerdir. Sultan Abdülhamit Selanik'de rahatsızlanıp, İstanbul'a getirildikten sonra son günlerini sarayda geçirip burada hayata veda etmiştir.
Sarayın altından geçen bir de tünel olduğu bilinmektedir. Tünelin ucunun nereye kadar olduğu tam olarak bilinmemek ile beraber tünelin orta kısmında bir de çeşme bulunmaktadır.