Üçüncü Selim 24 Aralık 1761'de İstanbul'da doğdu. Babası Üçüncü Mustafa annesi ise Mihrişah Sultan'dı. Şehzade Selim 36 yıl sonra doğan ilk şehzadeydi. Bu sebeple doğumu Osmanlı Sarayı'nda büyük sevinçlere neden olmuştu. Babası Üçüncü Mustafa, Şehzade Selim'in eğitimiyle yakından ilgilendi. Onun en iyi bir şekilde eğitim almasını sağladı. Dönemin en bilgili ve yetkin hocalarını Şehzade Selim'in eğitimiyle görevlendirdi. Sultan Üçüncü Mustafa zamanla Şehzade Selim'in devlet işlerinde yanında yer almasını sağladı. Bu şekilde tecrübe kazanmasını istiyordu.
Şehzade Selim'in çocukluğu Osmanlı Devleti'nin zor bir dönemine denk gelmişti. Osmanlı Devleti, yavaş yavaş gücünü ve otoritesini kaybetmeye başlıyordu. Rusya ile 1768 yılında başlayan savaştan iyi haberler gelmiyordu. Osmanlı ordusu Rus kuvvetleri karşısında üst üste yenilgiler alıyordu. 1770 yılında Osmanlı donanmasının büyük bir bölümü “Çeşme Baskını“nda zarar gördü. Osmanlı ordusu artık o eski ihtişamlı ve güçlü günlerinde değildi. Ordunun “hantallığı” açık bir şekilde görülüyordu. Şehzade Selim de Osmanlı Devleti'nin düştüğü bu durumu görüyor ve çok üzülüyordu. Daha o yaşlarda bunun çarelerini düşünmeye koyuldu. Şehzade Selim'in küçük yaşlardaki çalışkanlığı ve özverisi saray içinde dikkat çekiyordu.
Sultan Üçüncü Mustafa 1774 yılında vefat etti. Şehzade Selim babasını kaybettiğinde 13 yaşındaydı. Osmanlı Devleti'nde uzun bir süre saltanat babadan oğula geçmişti. Ancak bu sistem Birinci Ahmet'in ardından değiştirildi ve “Ekberiyet Usulü” getirildi. Bu sistemde saltanat babadan oğula değil hanedanın en yaşı üyesine geçiyordu. Bu sistemden amaçlanan taht kavgalarına son vermekti. Bu sebeple tahta Şehzade Selim'in yerine amcası Birinci Abdülhamit geçti. Şehzade Selim babasının ölümü üzerine Topkapı Sarayı'ndaki “Veliahd Dairesi“ne (Çifte Kasırlar) yerleşti. Değişen saltanat sistemiyle beraber şehzadeler için “Kafes Usulü” yürürlüğe koyulmuştu. Burada şehzadeler gözetim altında tutuluyordu.
Şehzade Selim burada iyi bir eğitimden geçti. Sultan Birinci Abdülhamit de onunla yakından ilgilendi ve rahat bir hayat sürmesini sağladı. Şehzade Selim musikiye oldukça meraklıydı. Tanburi İshak Efendi'den tanburi dersleri aldı. Şehzade Selim musiki alanında kendini oldukça geliştirmişti. Öyle ki besteler bile yapıyordu. Bu bestelerinden bir tanesi Suzidilara Peşrev'di.
Şehzade Selim edebiyata da çok meraklıydı. İlhami mahlasıyla çok başarılı şiirler yazmıştı. Bunlardan bir tanesinde kafes hayatını konu ediyordu:
Şehzade Selim her ne kadar Birinci Abdülhamit tarafından fazla sıkı kontrol altında tutulmadıysa da kafes hayatı yine de zorluklarla doluydu. Şehzade Selim 1785'de Birinci Abdülhamit'e yönelik suikast teşebbüsünün ardından çok daha sıkı bir denetim altında tutuldu.
1787'de Osmanlı Devleti ile Rusya arasında yaşanan savaşta Ruslar Özi Kalesi'ni ele geçirdi ve kale içindeki bütün halkı katletti. Bu haberi duyan Sultan Birinci Abdülhamit felç geçirdi ve 1789 yılında vefat etti.
Sultan Birinci Abdülhamit'in vefat etmesi üzerine Şehzade Selim 7 Nisan 1789'da tahta çıktı. Tahta çıktığında 28 yaşındaydı ve aynı zamanda da Osmanlı Devleti'nin 28. padişahı olmuştu.
